（一）办公室。负责文电、会务、督查、信息、宣传、机要、保密、档案、信访、值班、安全等局机关日常运转工作。承担政府信息和政务公开、新闻发布、调研、信息化、统计、综合性文稿起草和建议提案办理等工作。负责局机关和所属事业单位的经费、资产管理等工作。按照规定管理财务经费等工作。拟订和管理年度审计项目计划。对审计成果进行整理研究和综合利用。联系特约审计员。起草审计工作规范性文件。审理复核有关审计业务事项。承担局机关规范性文件的合法性审查工作。
（二）人事科（挂党建工作科牌子）。负责局机关和所属事业单位的机构编制、人事管理、社会保障等工作。负责局机关及所属事业单位党的建设和群团工作。按照干部管理权限，承办本部门领导干部和工作人员的有关事项。按规定管理人事工作，负责教育培训和干部队伍建设等工作。负责局机关和所属事业单位离退休人员的管理服务工作。
（三）经济责任审计科（挂行政事业审计科牌子）。负责组织对县管领导干部以及依法属于县审计局审计监督对象的其他单位主要负责人经济责任审计。负责组织开展领导干部自然资源资产离任审计。承担县经济责任审计工作联席会议的日常工作。拟订行政事业审计工作计划并组织实施。综合行政事业审计工作情况。负责审计有关县直部门（单位）的财务收支。开展相关专项审计调查。
（四）财政金融审计科（挂电子数据审计科牌子）。负责组织审计国家有关重大政策措施、省市县有关重要工作部署贯彻落实情况。组织审计县级预算执行情况和其他财政收支，县级决算草案，乡镇人民政府、街道办事处和经济开发区管委会决算和其他财政收支，县财政转移支付资金。起草年度县级预算执行和其他财政支出情况审计报告。起草年度县级预算执行和其他财政收支情况的审计结果报告、审计工作报告。按照规定组织税收征管等审计。负责拟订全县审计业务电子数据总体规划。组织开展审计业务电子数据采集、验收、整理和综合分析利用。组织对有关部门和国有企事业单位网络安全、电子政务工程和信息化项目以及信息系统的审计。负责组织审计县属国有和国有资本占控股或者主导地位的金融机构的资产、负债和损益。
（五）农业农村审计科（挂自然资源和生态环境审计科牌子）。负责组织审计县农业农村、扶贫开发以及其他相关公共资金和建设项目。负责组织开展自然资源管理、污染防治和生态保护与修复情况审计。承担县自然资源和环境审计工作联席会议的日常工作。
（六）固定资产投资审计科。负责组织审计县投资和以县投资为主的建设项目以及其他关系到国家利益和公共利益的重大公共工程项目。
（七）企业审计科（挂涉外审计科牌子）。负责组织审计县属国有和国有资本占控股或者主导地位的企业的资产、负债和损益以及财务收支。负责组织审计县属国有和国有资本占控股或者主导地位的企业、金融机构的境外国有资产投资、运营和管理情况。组织审计县政府驻境外非经营性机构的财务收支以及国际组织和外国政府援助、贷款项目。
（八）社会保障审计科。负责审计县政府相关部门、乡镇人民政府、街道办事处和经济开发区管委会以及其他单位受县政府及其部门委托管理的社会保障基金、社会捐赠资金以及其他有关基金、资金的财务收支。
(九)法规科。组织对审计业务质量的监督检查和优秀审计项目评选工作。督促被审计单位和其他有关单位根据审计结果进行整改，落实审计结论，执行审计决定。办理审计移送和申请法院强制执行事项。承担行政复议、行政应诉等有关工作。组织协调对社会审计机构出具的相关审计报告的核查工作。推动建立健全内部审计制度，指导和监督内部审计工作。负责牵头推进本系统行政审批制度改革和职能转变相关工作，组织编制权责清单，深化简政放权，加强事中事后监管，优化权力运行流程，推进政务服务标准化。